2020年初爆發新冠肺炎疫情，推動國家疫苗自製成為世界發展趨勢，避免無法獲得外購疫苗等困境；國家衛生研究院於2020年開始籌畫生物製劑二廠及國家感染性疾病資源庫的建置，在政府與民間的共同支持下，於2021年4月經國發會通過新建計畫，今(12)天下午在國衛院竹南院區由行政院長陳建仁主持動土典禮。
自新冠肺炎疫情爆發後，為了未來在新興傳染病疫情爆發時能更迅速制定有效的防範政策，以及提供檢測方法、藥物與疫苗的研發參考，國衛院著手建立國家感染性疾病資源庫，收集國內傳染性檢體、病原體與其衍生物，進行特性、抗藥機制與基因型等研究，完整保留具代表性菌株，建立各種標準品供產學研醫各界發展新型藥物及治療方法，並提供病原體基因定序、動物攻毒試驗等技術服務。
同時與國外資源庫建立合作機制，引進管理模式及進口國內不易取得之重要病原體，以確保國家感染性疾病資源庫有永續經營的量能，協助提升我國在生物醫學技術的發展。
國衛院表示，行政院核定工程經費高達近40億元，預備興建的生物製劑二廠包含6條產線、2單位ABSL-3實驗室及國家感染性疾病資源庫。6條產線採獨立操作規劃，其中2條產線生產卡介苗與抗蛇毒血清上市藥，2條為提升產能至公噸等級以滿足第一線防疫需求的新產品量產產線，2條產線則作為小量生產臨床試驗用新型產品，全面強化核酸、病毒載體、重組蛋白及不活化全病毒疫苗相關技術平台，並搭配國家感染性疾病資源庫搜集之各式病原體和檢體，建立疫苗開發「模組化」標準流程。
由於緊急傳染病的病原體多為生物安全第三等級，此次也一併增建充足的ABSL-3實驗室，在確保疫苗研發順利進行的同時，也保護研發人員的安全。
